Управление школой осуществляется в соответствии с Федеральным законом «Об образовании в Российской Федерации» №273-ФЗ от 29.12.2012г. и Уставом школы. Управление школой осуществляется на основе сочетания принципов единоначалия и коллегиальности.
Единоличным исполнительным органом школы является директор (Гришина Наталья Гарифовна), который осуществляет текущее руководство деятельностью школы.
Директор осуществляет свою деятельность на основании заключенного с Управлением образования администрации г. Оренбурга трудового договора.
Директор подотчетен в своей деятельности Управлению образования администрации г. Оренбурга,наблюдательному совету школы.
Директор действует от имени школы без доверенности, представляет её интересы во всех органах и организациях, совершает сделки от её имени, утверждает штатное расписание, планирует финансово-хозяйственную деятельность, издает локальные нормативные акты, приказы, обязательные для исполнения всеми работниками школы.
Директор несет ответственность за руководство образовательной, научной, воспитательной работой и организационно-хозяйственной деятельностью школы.
В школе формируются коллегиальные органы управления, к которым относятся общее собрание (конференция) трудового коллектива школы,педагогический совет,наблюдательный совет.
В целях учета мнения обучающихся,родителей(законных представителей) несовершеннолетних обучающихся и педагогических работников по вопросам управления школой и при принятии школой локальных нормативных актов,затрагивающих их права и законные интересы, по инициативе обучающихся,родителей (законных представителей) несовершеннолетних обучающихся и педагогических работников в школе создается совет обучающихся, общешкольный родительский комитет (законных представителей) несовершеннолетних обучающихся.
Общее собрание создается на основании Устава школы, руководствуется федеральным законодательством и законодательством субъекта РФ, другими нормативными правовыми актами об образовании, и положением "Об общем собрании работников "МОАУ "СОШ №54". В состав общего собрания входят все работники МОАУ "СОШ №54".Общее собрание собирается не реже двух раз в год.
Педагогический совет руководствуется федеральным законодательством и законодательством субъекта РФ, другими нормативными правовыми актами об образовании, и положением "О педагогическом совете ". В состав педагогического совета входят: директор школы, заместители директора,педагогические работники. Срок действия педагогического совета-бессрочно.
Наблюдательный совет школы создается в составе 5 человек: представитель школы-1 человек; представители органы по управлению имуществом города Оренбурга-1 человек;представители общественности-2 человека; представители работников школы-1 человек. Срок полномочий Наблюдательного совета-3 года.